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Offene PostDoc / PhD Stellen

Projektmanager (Assistenz Standortsprecher HiGHmed)

Beginn
So bald wie möglich / Dauer: 2 Jahre mit der Option auf Verlängerung

Der erfolgreiche Bewerber wird Teil Aufgaben am Standort Heidelberg innerhalb des HiGHmed-Konsortiums (http://www.highmed.org) wahrnehmen. Er/Sie wird in der Arbeitsgruppe Bioinformatik und Systemkardiologie (www.dieterichlab.org) angestellt sein und den Standort Heidelberg als Projektmanager vertreten.

Aufgaben
Zu Ihren Aufgaben gehören unter anderem:

  • Die Koordinierung der HiGHmed Aktivitäten am Standort Heidelberg (UKL-HD)
  • Projektmanagement, Monitoring und Ergebnispräsentation
  • Vernetzung der Use Cases und Medizininformatik Aktivitäten am Standort
  • Mitarbeit in Arbeitsgruppen zu Themen wie Datenschutz, Sicherheit und Austausch.
  • Mitarbeit in Arbeitsgruppen zu Themen wie Interoperabilität und Datenmodellierung.

Benötigte Qualifikationen
Die idealen Kandidaten haben idealerweise > 3 Jahre Berufserfahrung im Projektmanagement und besitzen einen Diplom- oder Master-Abschluss mit klarem Themenbezug zur Ausschreibung. Ihre Berufserfahrung haben Sie vorzugsweise in medizinischen Forschungsverbänden erhalten. Wir setzen eine selbstständige Arbeitsweise voraus und benötigen eine proaktive detaillierte Berichterstattung an den Standortsprecher. Sie besitzen Teamfähigkeit, Freude am Anwenderkontakt und verfügen über Reisebereitschaft.

Biologisch-Technischer Assistent (m/w)

Beginn
So bald wie möglich / Dauer: 18 Monate mit der Option auf Verlängerung

Der Hauptfokus der Arbeitsgruppe liegt auf dem Zusammenspiel von nichtkodierenden RNAs (ncRNAs), RNA-bindenden Proteinen (RBPs) und ihrer Wirkung auf verschiedene Stufen der RNA Prozessierung. Die Stelle wird gemeinsam mit der DZHK Nachwuchsgruppe Cardiac Proteostasis  (Dr. Shirin Doroudgar) ausgeschrieben. Die Tätigkeit bezieht sich hauptsächlich auf die Arbeit mit Zellkulturmodellen und dient der Erforschung von zirkulären RNA Spezien im Speziellen und RNA Interaktionen sowie Funktionen im Allgemeinen.

Aufgaben

  • Zellkultur (sowohl Standardzelllinien, als auch hIPSCs und NRVMs)
  • Isolierung von DNA, RNA und Proteinen
  • PCR (für Amplikonsequenzierung und RNA-Quantifizierung)
  • Western Blots
  • Knock Downs (siRNAs)
  • Klonierung und Transfektion von Adenoviren und AAVs.
  • Vorbereitung und Sequenzierung von Nanopore-Bibliotheken (Oxford Nanopore Technologies)
  • Erfassen und Bewerten von mikroskopischen Abbildungen
  • Allgemeine Laboraufgaben und Organisation (darunter fallen Bestellungen, Angebotsanfrage, Kontrolle und Beschaffung von Verbrauchsmaterialien, Entsorgung, Instandhaltung der Geräte)
  • Etablierung neuer Methoden
  • Auswertung, Dokumentation und Darstellung der Ergebnisse

Benötigte Qualifikationen

  • Sie haben bereits Erfahrung mit der Arbeit in einem Forschungslabor
  • Erfahrung mit der Entwicklung und Fehlerbehebung von Molekularbiologieexperimenten
  • Erfahrung in DNA-Isolierung, Amplifikation und Klonierung, RNA-Isolierung und RTPCR sowie Immunoblotting
  • Erfahrungen mit Gewebekulturen, einschließlich primärer kardialer Myozyten, Zelllinien und iPS-Zellem

Expertise in Immunozytofluoreszenz und Mikroskopie

  • Hintergrund in der Herzbiologie, einschließlich Expertise bei in vitro und in vivo Modellen
  • Expertise in kardialen, biochemischen und phänotypischen Analysen
  • Erfahrung in der Entwicklung von Gene-Delivery-Plattformen wie Adenovirus und Adeno-assoziiertem Virus
  • Computerkenntnisse einschließlich Fachwissen in Bezug auf die Verwendung von Excel, ImageJ, Prism, PowerPoint und Illustrator
  • Sie sprechen gut Englisch, da Sie in einem internationalen Team arbeiten werden

Ausgeprägte Teamfähigkeit, Flexibilität, Zuverlässigkeit und Selbstständigkeit beim Arbeiten

Scientist (f/m) / PhD position

Project description

Title
Circular RNAs: novel regulators of protein synthesis in neurons and cardiac myocytes

Summary
Circular RNAs are a rediscovered class of RNA species that originate from back-splicing events in animals and plants. Many circular RNAs are stable, abundant and conserved between species. They exhibit context-dependent expression patterns, which are linked to disease states. Putative circular RNA functions are numerous and range from regulation of transcription and splicing to RNA/protein sponging and scaffolding.

We have carefully mapped the complete internal structure of many circular RNAs in adult mouse brains and hearts with innovative RNA sequencing and software approaches. Based on the primary sequence and contextual splicing events, we classified circular RNAs into functional candidate categories, such as mRNA traps, splicing regulators, and sponges.

The Dieterich Lab wants to accurately understand, manipulate and design circular RNA biology in terms of functional aspects. We will predominantly use in vitro cell culture systems of human and mouse cell lines together with our collaborators. Given success, we will use circular RNAs to open up novel therapeutic avenues in animal models of neuronal disease & heart failure.

Given previous experience, the applicant will either work on:
(1) Enhancing our understanding of circular RNA biogenesis, modification, localization, decay and interactions in an unbiased manner using latest high-throughput technologies combined with metabolic labeling, sub-cellular fractionation, and affinity capture experiments.

(2) Alternatively, the applicant will work in quantitative computational models to predict circular RNA dynamics, folding and, interaction networks with the goal to tailor molecular interventions in the heart.

Methods that will be used:
• Molecular RNA Biology
• High-throughput sequencing technologies
• Metabolic labelling
• Sub-cellular fractionation
• Knock-down
Computational RNA Biology:
• R Programming
• Python Programing

Keywords
hiPSC, neuron, cardiomyocyte, circular RNA, Computational Biology, bioinformatics, heart failure, neuronal diseases

What we offer
The Dieterich Lab (www.dieterichlab.org) offers a stimulating, diverse and international research environment. We are embedded in a vibrant community of cardiovascular research labs and collaborate with many experimentally or theoretically oriented labs in the Heidelberg area.

Additionally we offer:

  • individual, goal-oriented further education
  • ticket for public transport
  • Kindergarten as well as holiday organization for schoolchildren
  • Information about finding a flat
  • Health promotion
  • University sports / Library access

Biomedical Data Steward / Analyst (m / w)

Beginn
So bald wie möglich / Dauer: 2 Jahre mit der Option auf Verlängerung

Der erfolgreiche Bewerber wird Teil eines gemeinschaftlichen Forschungsumfeldes innerhalb des HiGHMed-Konsortiums (http://www.highmed.org) sein. Er/Sie wird in der Arbeitsgruppe Bioinformatik und Systemkardiologie (www.dieterichlab.org) angestellt sein und ETL (Extract, Transform and Load) Prozesse, openEHR Daten Archetype Modeling und Patient Data Analytics Verfahren entwickeln. Unser primärer Anwendungsfall betrifft die Herzinsuffizienz, eine wet verbreitete Erkrankung mit hohen Lebensrisiken. Im Anwendungsfall wollen wir konkret Dekompensationsereignisse verhindern und nichtakute Phasen für den Patienten verlängern. Wir suchen eine talentierte Person mit einem Hintergrund in der Medizininformatik.

Aufgaben
Sie analysieren den Informationsfluss in klinischen Routineverfahren und unterstützen die Implementierung von Benutzeroberflächen für die kardiologische Datenerfassung.
Sie werden eng mit dem lokalen HiGHMed Datenintegrationszentrum zusammenarbeiten, um ETL-Prozesse für Kardiologiedaten zu erstellen. Darüber hinaus werden Sie Teil einer landesweiten Initiative sein, um Daten-Archetypen für den kardiologischen Anwendungsfall zu definieren und zu verfeinern. Genauso wichtig ist, dass Sie Data Mining auf lokalen und verteilten Daten einschließlich longitudinaler Sensordaten durchführen.

Benötigte Qualifikationen
Die idealen Kandidaten haben einen Master oder einen gleichwertigen Abschluss in Medizininformatik, Bioinformatik oder Informatik. Sie verfügen über eine ausgewiesene Expertise im Bereich Data Warehousing biomedizinischer Daten und sind gerne in einem hoch interdisziplinären und internationalen Team tätig. Sie besitzen gute Kenntnisse in den Programmiersprachen Python und JAVA. Andere relevante Qualifikationen umfassen: Erfahrung im Umgang mit medizinischen Daten (klinische Daten, molekulare Daten), Erfahrung mit Datenbanken (SQL, NoSQL) und Web-Anwendungsprogrammierung.

Was wir anbieten
Das Dieterich Lab (www.dieterichlab.org) bietet ein anregendes, vielfältiges und internationales Forschungsumfeld. Wir sind eingebettet in eine lebendige Gemeinschaft von Herz-Kreislauf-Forschungslaboren und arbeiten mit vielen experimentell oder theoretisch ausgerichteten Laboren im Raum Heidelberg zusammen.

Zusätzlich bieten wir:

  • Individuelle, zielorientierte Weiterbildung
  • Ticket für den öffentlichen Verkehr
  • Kinderkrippe und Kindergarten, sowie Ferienorganisation für Schulkinder
  • Informationen zur Wohnungssuche
  • Gesundheitsförderung
  • Universitätssport / Bibliothek

Applications including all relevant credentials should be sent to (email: in ONE pdf-file):

Contact & Application

Interested?
Please contact us.

We are always looking for talented students with a background in bioinformatics / medical informatics who wish to do an internship, master’s thesis or similar.

We also encourage medical students who would like to pursue a computational
project in their dissertation (Medical Structured Scientific Program / MEDISS)
to contact us.

We stand for equal opportunities. People with disabilities are given priority with the same suitability. The university hospital aims at a general increase in the proportion of women in all areas and positions where women are underrepresented. Qualified women are therefore particularly encouraged to apply. Full-time positions are, in principle, divisible insofar as there are no official or legal grounds.

For specific job descriptions, please check back regularly.