DZHK PostDoc Start-up Grant erhalten

Neuerscheinung

Circular RNAs (series: Methods in Molecular Biology) ist neuerschienen.
Authoren: Christoph Dieterich & Argyris Papantonis und viele andere.

Neue Mitarbeiter

Wir heißen Mike Rightmire, Etienne Boileau und Thiago Britto Borges in unserem Team willkommen!

Neue Veröffentlichung über zirkuläre RNAs im Herzen

Identifizierung von zirkulären RNAs mit Wirtsgen-unabhängiger Expression in menschlichen Modellsystemen zur Herzdifferenzierung und -krankheit.
Siedler D 1, Rapti K 2, Gorska AA 2, Katus HA 2, Altmüller J 3, Boeckel JN 2, Meder B 2, Maack C 4, Völkers M (2), Müller OJ (2), Backs J (5), Dieterich C (6).

ZIELE: Herz-Kreislauf-Erkrankungen, eine der häufigsten Todesursachen in westlichen Populationen, ist durch Veränderungen im RNA-Spleißen und Expression gekennzeichnet. Circulare RNAs (circRNA) stammen von Rückenspleißereignissen, die eine stromabwärts gelegene 5'-Spleißstelle mit einer stromaufwärtigen 3'-Spleißstelle verbinden. In Herz-Biopsien aus Menschen-, Ratten- und Mausherzen wurden mehrere Back-Splicing-Junctions (BSJ) beschrieben (Werfel et al., 2016; Jakobi et al., 2016). Hier verwenden wir humane induzierte pluripotente Stammzellen-abgeleitete Kardiomyozyten (hiPSC-CMs), um die zirkuläre und die Wirtsgen-Dynamik bei der Herzentwicklung und -erkrankung zu identifizieren. Parallel untersuchen wir die Interaktionen von ausgewählten Homologen in Maus und Ratte über RIP-seq Experimente.

METHODEN UND ERGEBNISSE: Deep-RNA-Sequenzierung der Entwicklung von Kardiomyozyten und β-adrenergen Stimulation ergab 4518 circRNAs. Der Satz von zirkulären RNA-Wirtsgenen ist angereichert für Chromatinmodifikatoren und GTPase-Aktivitätsregulatoren. RNA-seq- und qRT-PCR-Daten zeigten, dass die zirkuläre RNA-Expression im hiPSC-CM-Modell mit 320 circRNAs, die signifikante Expressionsänderungen zeigen, hochdynamisch ist. Interessanterweise werden 82 circRNAs unabhängig zu ihren Wirtsgenen reguliert. Wir überprüften die gleiche circRNA-Dynamik für circRNAs aus ATXN10, CHD7, DNAJC6 und SLC8A1 in Biopsiematerial aus humaner dilatativer Kardiomyopathie (DCM) und Kontrollpatienten. Schließlich konnten wir zeigen, dass Nagetier-Homologe von circMYOD, circSLC8A1, circATXN7 und circPHF21A entweder mit den Ribosomen- oder Argonaute2-Protein-Komplexen wechselwirken.

SCHLUSSFOLGERUNG: CircRNAs werden in einem hiPSC-CM-Modell der Herzentwicklung und der Stressreaktion dynamisch exprimiert. Einige circRNAs zeigen ähnliche, vom Host-Gen unabhängige Expressionsdynamik in Patientenproben und können mit dem Ribosom- und RISC-Komplex interagieren. Zusammengefasst deckt das hiPSC-CM-Modell eine neue Signatur potenziell krankheitsrelevanter circRNAs auf, die als neue therapeutische Ziele dienen können.

www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28676412

pulseR: Vielseitige computergestützte Analyse des RNA-Umsatzes aus metabolischen Markierungsexperimenten

Ein Paper, das unser neues Werkzeug zur Analyse von RNA-Sequenzen zur Markierung von RNA-Sequenzen beschreibt, ist jetzt online verfügbar!

Flexbar 3.0 - SIMD- und Multicore-Parallelisierung

Motivation:
Sequenziermaschinen mit hohem Durchsatz können viele Proben in einem einzigen Durchlauf verarbeiten. Für Illumina-Systeme werden Sequenz-Lesevorgänge mit einem zusätzlichen DNA-Tag versehen, das in den jeweiligen Sequenzierungsadaptern enthalten ist. Die Erkennung von Strichcode- und Adaptorsequenzen wird daher üblicherweise für die Analyse von Sequenzierungsdaten der nächsten Generation benötigt. Flexbar führt das Demultiplexen basierend auf Barcodes und Adapterabgleich für solche Daten durch. Weiterlesen...

Ein microRNA-129-5p / Rbfox-Crosstalk koordiniert das homöostatische Downscaling von exzitatorischen Synapsen - Neues Paper

Abstract: Synaptisches Downscaling ist ein homöostatischer Mechanismus, der es Neuronen erlaubt, die Feuerrate bei chronisch erhöhten Netzwerkaktivitäten zu reduzieren. Synaptisches Downscaling ist zwar wichtig für die Entwicklung von neuronalen Schaltkreisen und Epilepsie, die zugrundeliegenden Mechanismen sind jedoch kaum beschrieben. Wir führten kleine RNA-Profiling in Picrotoxin (PTX) behandelten Hippocampus-Neuronen, ein Modell der synaptischen Downscaling. Dabei identifizierten wir acht microRNAs (miRNAs), die als Reaktion auf PTX erhöht wurden, einschließlich miR-129-5p, deren Hemmung die synaptische Herabstufung in vitro blockierte und die Schwere der epileptischen Anfälle in vivo verringerte. Unter Verwendung von Transkriptom-, Proteom- und bioinformatischer Analyse identifizierten wir Calcium-Pumpe Atp2b4 und Doublecortin (Dcx) als miR-129-5p Ziele. Die Wiederherstellung der Atp2b4- und Dcx-Expression war ausreichend, um ein synaptisches Herunterskalieren in PTX-behandelten Neuronen zu verhindern. Darüber hinaus charakterisierten wir ein funktionelles Crosstalk zwischen miR-129-5p und dem RNA-bindenden Protein (RBP) Rbfox1. In Abwesenheit von PTX förderte Rbfox1 die Expression von Atp2b4 und Dcx. Bei der PTX-Behandlung wurde die Expression von Rbfox1 durch miR-129-5p herunterreguliert, wodurch Atp2b4 und Dcx unterdrückt werden konnten. Wir identifizierten daher ein neuartiges aktivitätsabhängiges miRNA / RBP-Crosstalk während der synaptischen Skalierung mit möglichen Implikationen für die Homöostase und Epileptogenese des Neuronalen Netzes.

Finden Sie mich auf Pubmed: www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28487411

Great Gordon Research Konferenz über RNA editing

Eine Woche wunderbare RNA modification Wissenschaft in Ventura / Kalifornien.

Rp-bp ist publiziert in NAR

Wir haben eine weitere Publikation zur Identifizierung von translatierten RNA-Regionen aus Ribosom-Fußdruckdaten in Nucleic Acids Research.

Hier finden Sie alle weiteren Details: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28126919

Neue Publikation erschienen

JACUSA: site-specific identification of RNA editing events from replicate sequencing data.

JACUSA wurde publiziert

JACUSA: Site-specific identification of RNA editing events from replicate sequencing data

• JACUSA

2 neue Publikationen

Unser Team hat sich weiter vergrößert

Wir begrüßen Ralf Hauenschild und Parisa Rezaee Borj in unserem Team!

Neue Publikation

Ivan Kel; Zisong Chang; Nadia Galluccio; Margherita Romeo; Stefano Beretta; Luisa Diomede; Alessandra Mezzelani; Luciano Milanesi; Christoph Dieterich; Ivan Merelli. SPIRE, a modular pipeline for eQTL analysis of RNA-Seq data, reveals a regulatory hotspot controlling miRNA expression in C. elegans

Unser Team wird größer

Wir heißen Amit Singh und Aleksei Uvarovskii in unserem Team willkommen.

Talk bei der GCB 2016 in Berlin

Our software contribution

FUCHS – Towards full circular RNA characterization using RNAseq

has been selected for a talk at GCB2016

• Preprint

Neue Publikation

Le HQ, Ghatak S, Yeung CC, Tellkamp F,Günschmann C, Dieterich C, Yeroslaviz A, Habermann B, Pombo A, Niessen CM, Wickström SA.
Mechanical regulation of transcription controls Polycomb-mediated gene silencing during lineage commitment.

Clusterserver

Unser Clusterserver ist angekommen und installiert.

Mondo complexes regulate TFEB via TOR inhibition to promote longevity in response to gonadal signals

Authoren: Shuhei Nakamura, Özlem Karalay, Philipp S. Jäger, MakotoHorikawa, Corinna Klein, Kayo Nakamura, Christian Latza, Sven E. Templer, Christoph Dieterich & Adam Antebi

Eine Zusammenarbeit mit unseren lieben Kollegen vom MPI-AGE wurde für die Publikation in Nature Communications akzeptiert.

Neuer Clusterserver

Unser neuer Clusterserver ist bestellt und wir erwarten sehnsüchtig unser Weihnachtsgeschenk.