Kliniken & Institute … Kliniken Zentrum für Innere… Innere Medizin III:… Forschung Klaus-Tschira-Institut… Jobs

Jobs

Software-Entwickler und Systemadministrator (m/w/d)

Beginn: so bald wie möglich Dauer: 1 Jahre mit der Option auf Verlängerung
Bezahlung nach Tarif der Länder (TV-L)

Das Klaus Tschira Institut für Integrative Computerkardiologie ist in drei Themenbereichen tätig. Erstens: RNA-Reifung und Prozessierung. Insbesondere die Entwicklung und Physiologie des Herzens erfordern eine strenge Kontrolle der RNA-Biologie. Unserem Labor ist es gelungen, zahlreiche Softwarelösungen für die Untersuchung der komplexen RNA-Welt zu veröffentlichen. Zweitens haben wir das Gebiet der Systemkardiologie für In-vitro- und In-vivo-Modelle der Herzinsuffizienz etabliert. Drittens bauen wir durch das HiGHmed-Konsortium im Rahmen der Deutschen Initiative Medizinische Informatik eine Brücke in den Bereich der klinischen Datenwissenschaft. An dieser Stelle sei insbesondere unsere KI-Arbeit auf dem Gebiet der unstrukturierten deutschen Texte aus dem kardiologischen Umfeld erwähnt. Weitere Informationen finden Sie unter www.dieterichlab.org.

Aufgaben
Der Kandidat hat Erfahrung mit verschiedenen Linux-Distributionen (mindestens Debian/Ubuntu), Software-Installation aus dem Quellcode und Fehlerbehebung bei Unix/Linux-Problemen auf Mehrbenutzersystemen. Es wird erwartet, dass der Kandidat Erfahrung mit Python, Perl und Shell-Scripting hat. Der Bewerber muss Grundkenntnisse in den Bereichen Netzwerkspeicher, Server-Hardware, Dateisystemverwaltung (vorzugsweise BeeGFS/XFS/ext4), band- und plattenbasierte Sicherung/Wiederherstellung (vorzugsweise Bareos), IT-Sicherheitskonzepte und Cluster-Computing (vorzugsweise SLURM) haben. Darüber hinaus sollte der Antragsteller Erfahrung mit Cluster-Orchestrierungswerkzeugen (vorzugsweise Ansible) haben, um mehrere Systeme effizient zu verwalten. Kenntnisse von Windows und MacOS sind von Vorteil. Der Kandidat wird für die laufende Leistungsabstimmung, Software-Upgrades und Ressourcenoptimierung des Rechnerverbunds der Gruppe verantwortlich sein. Der erfolgreiche Kandidat muss in der Lage sein, selbständig und effizient in einer Teamumgebung zu arbeiten, und über starke kommunikative und zwischenmenschliche Fähigkeiten verfügen. Frühere Erfahrungen mit bioinformatischer Software werden von Vorteil sein.

 

Benötigte Qualifikationen

Abgeschlossene Qualifikation als Software-Entwickler oder Systemadministrator

Idealerweise Erfahrung in den Bereichen:

  • Verwaltung von Linux-Servern (Debian Linux)
  • Erfahrung mit hochleistungsfähigen parallelen Dateisystemen (BeeGFS)
  • Cluster-Scheduling berechnen (SLURM)
  • Server-Bereitstellung (Möglich)
  • Planung und Umsetzung von Sicherungsstrategien (Bareos)
  • Installation und Betrieb von Docker-Hosts und Containern
  • Datenbankverwaltung (MariaDB, PostgreSQL)
  • Objektorientierte, testgetriebene Software-Entwicklung, kontinuierliche Integration

 


Postdoc in Machine Learning for Sequence Analysis (m/f/d)

As soon as possible searched for the Klaus Tschira Institute for Integrative Computational Cardiology / Internal Medicine III.

The position is initially limited to 2 years with option of further extension. The salary is paid according to the German TV-L system (the salary agreement for public service employees).

The Klaus Tschira Institute for Integrative Cardiology is active in three thematic areas. First: RNA maturation and processing. In particular, the development and physiology of the heart require strict control of RNA biology. Our laboratory has succeeded in publishing numerous software solutions for the investigation of the complex RNA world. Secondly, we have established the field of systems cardiology for in vitro and in vivo models of heart failure. Thirdly, we build a bridge into the field of clinical data science through the HiGHmed Consortium, as part of the German Medical Informatics Initiative. At this point, our AI work in the field of unstructured German texts from cardiological settings should be mentioned in particular. Further information is available at www.dieterichlab.org.

Tasks

You will implement existing and develop new computational methods for the analysis and interpretation of sequencing data and contribute to at least one of our research areas:

  • Direct RNA sequencing data: RNA modification detection
  • Single Cell RNA sequencing data: Hybrid approaches on the ONT platform
  • Predictive Machine Learning Models for RNA biology (Splicing, Translation, NMD)

Required Qualifications

  • The ideal candidates will have a PhD or equivalent in Bioinformatics, Physics, Statistics or a related discipline
  • You offer solid expertise in handling high-throughput data sets and are fully competent in managing the underlying statistical challenges
  • Moreover, you are happy to work in a highly interdisciplinary team
  • A proven competence in scripting/programming (i.e. at least two out of C/C++, R, Python, Java) is essential
  • Other relevant qualifications include a good understanding of RNA Biology

What we offer

The Dieterich Lab (www.dieterichlab.org) offers a stimulating, diverse and international research environment. We are embedded in a vibrant community of cardiovascular research labs and collaborate with many experimentally or theoretically oriented labs in the Heidelberg area. Our computer cluster consists of 26 dedicated computing nodes with main memory of up to one terabyte, which is needed for genome assembly or parallel analysis of large OMICS data sets, for example. In addition, the computer cluster has been equipped with dedicated servers that accommodates NVIDIA GPUs (Graphics Processing Units) for up-to-date machine learning approaches.

Additionally we offer:

  • Target-oriented individual further education and training opportunities
  • Targeted training on the job
  • Ticket for public transport
  • Possibility of child care (crèche and kindergarten) as well as subsidy for holiday care for school children
  • Active health promotion
  • Company pension scheme
  • Access to the university library and other university facilities (e.g. university sports)

 

Contact & Application

Please do not hesitate to contact us via e-mail: sekretariat.dieterich(at)med.uni-heidelberg.de if you have any further questions.

Interested?

Please send a covering letter/supporting statement, including a brief statement of research interests, CV and the details of two referees as part of your online application until December 15th, 2020.


Universitätsklinikum Heidelberg
Zentrum für Innere Medizin
Klinik für Kardiologie, Angiologie, Pneumologie (Innere Medizin III)
Prof. Dr. rer. nat. Christoph Dieterich 
Im Neuenheimer Feld 669
69120 Heidelberg
sekretariat.dieterich(at)med.uni-heidelberg.de

We are always looking for talented students and job application.

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Please upload a covering letter/supporting statement, including a brief statement of research interests, CV and the details of two referees as part of your online application.
Applications should be sent by email in ONE pdf-file to sekretariat.dieterich(at)med.uni-heidelberg.de

Please do not hesitate to contact us if you have any further questions.

University Hospital Heidelberg
Department of Internal Medicine III
Section of Bioinformatics & Systems Cardiology
Prof. Dr. rer. nat. Christoph Dieterich
Im Neuenheimer Feld 669
69120 Heidelberg
sekretariat.dieterich(at)med.uni-heidelberg.de